脑干损伤后遗症的程度因人而异，一般来说，轻度脑干损伤经过积极治疗，部分患者可能在数月内有一定程度恢复，但也可能遗留一些轻微症状；而重度脑干损伤的后遗症相对较重，可能长期存在多种严重问题，如长期昏迷、肢体运动障碍、认知功能障碍等，甚至有部分患者会在数周内因严重并发症死亡。
后遗症的表现与程度差异
肢体运动功能方面
轻中度损伤：可能出现轻度的肢体肌力下降，比如上肢或下肢力量较健侧稍弱，在进行精细动作时可能会有一定影响，但通过康复训练有恢复的可能，不过恢复时间可能较长，可能需要数月甚至更长时间。重度损伤：往往会导致严重的肢体瘫痪，比如长期卧床，完全无法自主活动肢体，需要长期依赖他人护理，恢复的几率相对较低，且恢复程度非常有限。
认知功能方面
轻中度损伤：可能会出现轻度的注意力不集中、记忆力轻度减退等情况，比如对近期发生的事情记忆稍差，但经过认知康复训练，有一定改善的可能，不过改善速度可能较慢。重度损伤：可能出现严重的认知障碍，如长期昏迷不醒，处于植物状态，对周围环境完全没有认知，无法与外界进行有效互动，这种情况恢复的希望十分渺茫。
神经功能方面
轻中度损伤：可能会有轻度的眼球运动障碍，比如眼球活动稍不灵活，但一般不影响基本的视觉功能，经过治疗和康复有可能逐渐改善。重度损伤：可能导致严重的神经功能紊乱，比如出现呼吸、心跳等生命体征的不稳定，需要长期借助医疗设备维持，而且还可能合并其他严重的神经并发症，如癫痫发作等，一旦出现癫痫，控制起来也比较困难。