脑干损伤后遗症的严重程度差异较大，部分患者可能遗留长期的神经功能障碍，如约30% - 50%的脑干损伤患者会存在不同程度的意识障碍后遗症，表现为长期昏迷或意识模糊。
运动功能方面的后遗症
肢体运动障碍：脑干损伤可能导致肢体运动功能异常，比如患者可能出现一侧或双侧肢体的肌力减退，影响日常的肢体活动，像无法正常抬起手臂、行走困难等。严重的还可能出现肢体痉挛，表现为肌肉紧张度增高，肢体僵硬，增加康复训练的难度。协调功能障碍：脑干与运动的协调功能密切相关，受损后患者可能出现平衡失调，走路时容易摔倒，精细动作也会受到影响，比如拿东西时手的稳定性差，难以完成精准的抓握动作。
认知与意识方面的后遗症
意识障碍持续：部分脑干损伤患者会长期处于意识障碍状态，如植物生存状态，患者没有明确的意识活动，对自身和周围环境没有感知。还有些患者可能处于微意识状态，有极少量的意识反应，但很难恢复到正常的清醒状态。认知功能受损：可能出现记忆力减退，难以记住近期发生的事情；注意力不集中，容易分散；学习和理解能力也会下降，影响日常生活中的学习新技能或理解简单指令等。
言语功能方面的后遗症
构音障碍：脑干参与言语相关神经通路的传导，受损后可能出现构音障碍，表现为说话不清，发音不准确，语句表达不流畅。比如发音含糊，难以清晰发出某些音节，导致别人难以理解其表达的内容。吞咽功能障碍：脑干损伤还常引发吞咽功能障碍，患者可能出现吞咽困难，进食时容易呛咳，这不仅影响营养摄入，还可能导致吸入性肺炎等并发症，严重威胁患者健康。