小孩矮小症的原因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，孩子有较大概率出现矮小症情况。据统计，约30%的矮小症患儿是由遗传因素导致的。
生长激素缺乏或分泌不足
垂体问题： 垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体本身出现病变，比如垂体发育异常等，就会导致生长激素分泌不足。例如垂体肿瘤等疾病可能影响生长激素的正常分泌。生长激素基因缺陷： 孩子自身的生长激素基因发生突变等情况，也会引起生长激素分泌不足，从而影响身高的正常增长。
先天性甲状腺功能减退
甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的甲状腺激素对孩子的生长发育至关重要。如果孩子先天性甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，就会导致生长迟缓，出现矮小症。这种情况需要及时检测甲状腺功能，一旦确诊应尽早补充甲状腺激素进行治疗。发病表现： 除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓、食欲差、嗜睡等症状。
慢性疾病影响
消化系统疾病： 一些慢性的消化系统疾病，如长期的营养不良性疾病，会影响孩子对营养物质的吸收，导致身体缺乏生长所需的营养成分，进而影响身高增长。比如长期患有慢性肠炎，会使孩子不能很好地吸收蛋白质、维生素等营养。肾脏疾病： 像慢性肾功能不全等肾脏疾病，会影响孩子的代谢功能，导致体内代谢紊乱，也会阻碍孩子的正常生长，出现矮小的情况。这类孩子往往还会伴有水肿、蛋白尿等其他肾脏疾病相关症状。