耳朵根子长了个疙瘩很疼可能由淋巴结肿大、脂肪瘤、皮脂腺囊肿等因素导致。具体如下：
一、淋巴结肿大：通常因临近器官炎症感染引起。患者局部会有红、肿、热、痛症状，且按压疼痛，用手指推动会滑动。此时可在医生指导下使用抗生素药物治疗，如罗红霉素胶囊、阿莫西林胶囊、青霉素V钾胶囊等。
1.罗红霉素胶囊：是一种抗生素药物，可用于治疗敏感菌引起的感染。
2.阿莫西林胶囊：能有效对抗多种细菌感染。
3.青霉素V钾胶囊：对于一些细菌感染有疗效。
二、脂肪瘤：多由全身脂肪代谢异常诱发。可生长于有脂肪的任何部位，表现为皮下单个或多个肿块，有一定弹性，手指轻推可轻微移动，若影响到神经会疼痛。治疗方法一般有激光、冷冻、切除等。
1.激光治疗：利用激光能量去除脂肪瘤。
2.冷冻治疗：通过低温使脂肪瘤组织坏死。
3.切除：直接手术切除脂肪瘤。
三、皮脂腺囊肿：主要因皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多内容物膨胀形成潴留性囊肿，好发于头面、颈项和胸背部等。囊肿突出于皮肤表面，可出现炎症反应如红、肿、痛等，耳部发生时会导致耳朵根子长了个疙瘩很疼，通常需手术治疗。
此外，还可能有其他原因如疖肿等。若出现这种情况，建议及时前往医院就诊，完善检查明确病因后，在医生指导下给予针对性处理或治疗。总之，当耳朵根子出现疙瘩且疼痛时，应及时就医，明确病因并采取合适的治疗方法。