唇腭裂主要是由遗传因素和环境因素共同作用导致的。据统计，约有20% - 30%的唇腭裂患儿存在家族遗传倾向，如果父母一方患有唇腭裂，子女患病风险比普通人群高2 - 3倍。
遗传因素方面
单基因遗传： 某些单基因的突变可能会引发唇腭裂。比如，有研究发现特定的染色体上的基因发生变异时，就可能增加胎儿出现唇腭裂的概率。如果家族中有亲属患唇腭裂，那么家族中的其他成员生育唇腭裂患儿的风险相对较高。多基因遗传： 唇腭裂是多基因遗传性疾病，由多个基因与环境因素相互作用所致。当多个相关基因同时出现异常，再加上环境因素的触发，就容易导致胎儿发生唇腭裂。比如，家族中多个亲属有唇腭裂相关表现，那么后代患病风险会累加。
环境因素方面
孕期感染： 孕妇在妊娠早期（怀孕前3个月左右）如果感染了风疹病毒、巨细胞病毒等，就可能影响胎儿面部的正常发育，增加唇腭裂的发生风险。例如，孕妇在孕期感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的几率比未感染的孕妇要高很多。孕期药物影响： 孕妇在孕期服用某些药物也可能导致胎儿唇腭裂。比如，孕期服用一些抗癫痫药物、抗肿瘤药物等，可能会干扰胎儿面部发育的正常进程，从而引发唇腭裂。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期缺乏某些重要的营养物质，如叶酸等，会影响胎儿的正常发育，增加唇腭裂的发生可能性。如果孕妇在怀孕前和孕期没有补充足够的叶酸，胎儿出现唇腭裂的风险会上升。孕期不良生活习惯： 孕妇如果在孕期大量吸烟、酗酒，烟草中的有害物质和酒精都会对胎儿的发育产生不良影响，增加胎儿患唇腭裂的风险。比如，每天吸烟超过10支的孕妇，其胎儿发生唇腭裂的几率比不吸烟的孕妇高不少；孕期大量酗酒的孕妇，胎儿出现唇腭裂等畸形的概率也会明显增加。