唇腭裂的发生是多种因素共同作用的结果。目前研究发现，大约有2% - 3%的新生儿会出现唇腭裂情况。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么后代发生唇腭裂的风险会增加。比如，若父母一方患有唇腭裂，子女患病几率约为3%左右；如果父母双方都患病，子女患病几率能达到15% - 30%。基因变异关联： 一些特定基因的变异与唇腭裂的发生密切相关，例如MSX1、IRF6等基因发生突变时，就会干扰胚胎面部发育，增加唇腭裂出现的可能性。
环境因素作用
孕期感染影响： 孕妇在怀孕期间感染某些病毒，像风疹病毒，就可能导致胎儿唇腭裂。如果孕妇在怀孕早期感染风疹病毒，胎儿患唇腭裂的概率会显著升高，大概在20% - 30%左右。孕期药物影响： 孕妇在孕期服用某些特定药物，比如抗癫痫药物，也可能增加胎儿唇腭裂的发生风险。如果孕妇在致畸敏感期（怀孕3 - 8周）服用了这类药物，胎儿出现唇腭裂的几率比正常情况高出数倍。孕期不良生活习惯： 孕妇吸烟、酗酒也会影响胎儿发育，增加唇腭裂发生的可能。孕妇吸烟的话，胎儿患唇腭裂的风险比不吸烟孕妇的胎儿要高2 - 3倍；酗酒的孕妇，其胎儿出现唇腭裂的几率也会明显上升。
营养因素制约
维生素缺乏影响： 孕妇在孕期缺乏维生素，尤其是缺乏叶酸时，胎儿发生唇腭裂的风险会增加。研究表明，孕妇孕前及孕期叶酸摄入不足，胎儿唇腭裂的发生率比叶酸摄入充足的孕妇要高约50%。营养不均衡问题： 孕期营养不均衡，比如蛋白质、矿物质等摄入不足，也会干扰胚胎的正常发育，进而增加唇腭裂出现的概率。如果孕妇在孕期蛋白质摄入长期不足，会影响胎儿面部组织的形成，导致唇腭裂等畸形发生。