唇腭裂主要是由遗传因素和环境因素共同作用导致的。据研究，遗传因素在唇腭裂发病中占比较大，约有20% - 30%的唇腭裂患儿存在家族遗传倾向，如果家族中有亲属患唇腭裂，后代发病风险会升高。
遗传因素方面
单基因遗传： 某些单基因的突变可能会引发唇腭裂。比如，有研究发现特定染色体上的基因发生突变时，就可能增加胎儿出现唇腭裂的几率。如果家族中已经有唇腭裂患者，家族成员在备孕前最好进行遗传咨询，评估生育唇腭裂患儿的风险。多基因遗传： 唇腭裂是多基因遗传病，是多个基因与环境因素相互作用的结果。多个微效基因累加可能导致发病风险增加。父母双方如果都携带相关的易感基因，那么孩子患病的可能性会比一般人群高。
环境因素方面
母体营养缺乏： 孕期母体缺乏维生素（如维生素A、维生素B2、叶酸等）会影响胚胎的正常发育。例如，孕期严重缺乏叶酸时，胎儿发生唇腭裂的风险明显增高。孕妇在孕期要保证营养均衡，多吃富含维生素的蔬菜水果，像橙子富含维生素C，菠菜含有丰富的叶酸等，以满足胎儿发育需求。药物影响： 孕期服用某些药物也可能导致唇腭裂。比如，孕期服用一些抗癫痫药物、糖皮质激素类药物等，可能会干扰胚胎面部发育，增加唇腭裂发生的风险。孕妇在孕期用药一定要在医生指导下进行，不能自行随意服药。感染因素： 孕期母体感染某些病毒，如风疹病毒等，也可能影响胚胎发育，导致唇腭裂。在风疹流行季节，孕妇要尽量避免去人员密集的场所，减少感染风险。如果怀疑感染风疹病毒，要及时就医检查。吸烟饮酒： 孕妇吸烟或大量饮酒会显著增加胎儿患唇腭裂的概率。烟草中的有害物质和酒精都会通过胎盘影响胚胎发育，所以孕妇要严格戒烟戒酒，同时也要避免接触二手烟。