慢性腹泻可能由多种原因引起。一般来说，超过4周的腹泻就可称为慢性腹泻。
一、肠道感染性疾病
细菌感染： 如大肠杆菌感染，可能导致肠道炎症，引起慢性腹泻。通常这类感染可能与食用被污染的食物有关，患者除了腹泻，可能还会有腹痛等症状。病毒感染： 轮状病毒感染也可能引发慢性腹泻，尤其在儿童中较为常见，病程可能持续数周。
二、肠道非感染性疾病
炎症性肠病： 像克罗恩病，会导致肠道慢性炎症，出现腹泻、腹痛、体重下降等症状，病情容易反复发作。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性胃肠病，与精神因素、肠道动力异常等有关，患者会有慢性腹泻，还可能伴有腹痛、腹胀，且症状在排便后有所缓解，情绪紧张等可能会诱发或加重症状。吸收不良综合征： 比如乳糜泻，是由于患者对麸质过敏，导致小肠黏膜受损，影响营养物质吸收，出现慢性腹泻，同时可能伴有消瘦、乏力等表现。
三、全身性疾病
甲状腺功能亢进： 甲状腺激素分泌过多会加快胃肠蠕动，导致腹泻，患者还常伴有多汗、心慌、手抖、体重减轻等症状。糖尿病： 糖尿病性腹泻较为常见，可能与自主神经病变有关，腹泻可为慢性，呈间歇性，严重时可能出现水样泻。