肾结石的形成与多种因素相关，其中尿液中某些物质浓度过高是关键。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出过多，就容易形成肾结石。比如，当尿液中钙的浓度持续偏高，超过了尿液的溶解限度，钙就可能结晶析出，逐步形成结石核心。
代谢异常因素
尿液成分异常： 尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高。例如，长期高钙饮食的人，尿液中钙的排出量可能增加，增加肾结石形成风险；草酸摄入过多，像经常大量吃菠菜、苋菜等富含草酸的蔬菜，会使尿液中草酸浓度升高，易形成草酸钙结石。尿量过少： 当人体喝水过少时，尿液会浓缩，导致尿液中各种成分析出浓度升高，从而增加肾结石形成几率。一般建议每天饮水量保持在2000 - 3000毫升以上，若尿量长期少于1000毫升，就更易长结石。
局部因素
尿路梗阻： 尿路任何部位的狭窄或堵塞，都会导致尿液排出不畅。比如肾盂输尿管连接处狭窄，尿液在肾脏内积聚，使得尿液中的晶体物质容易沉积，进而形成结石。尿路感染： 一些细菌、病毒等病原体在尿路中生长繁殖，会改变尿液的成分和酸碱度，为结石形成创造条件。而且感染产生的炎症物质还可能成为结石的核心，促进结石形成。
其他因素
饮食习惯： 除了草酸摄入，高盐饮食也会增加肾结石风险，因为高盐会使尿液中钙的排出增加；长期喝含糖饮料，其中的糖分等成分可能影响尿液成分，增加结石发生可能。某些疾病影响： 像甲状旁腺功能亢进症患者，由于甲状旁腺激素分泌过多，会导致血钙升高，进而使尿液中钙排出增多，容易形成肾结石；一些肠道疾病患者，比如炎症性肠病患者，肠道对草酸的吸收可能出现异常，导致尿液中草酸含量增加，增加结石风险。