肾结石形成的原因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是关键因素。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易形成肾结石。一般来说，肾结石的形成与多种因素相互作用有关。
代谢异常导致
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，超过了尿液的溶解度，就容易析出结晶，逐渐形成结石。例如，高钙尿症患者尿液中钙的含量较高，就增加了肾结石形成的风险。正常情况下，尿液中钙的排出量有一定范围，若超出这个范围就可能引发问题。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会使尿酸在尿液中浓度升高，进而形成尿酸结石。一些患有痛风的患者，由于尿酸代谢紊乱，更容易出现尿酸结石。
局部因素影响
尿路梗阻： 尿路存在梗阻时，尿液排出不畅，导致尿液中晶体物质容易沉积，从而促进肾结石的形成。比如肾盂输尿管连接处狭窄的患者，尿液流动受阻，就容易在局部形成结石。这种梗阻情况会使尿液在局部停留时间延长，为结石的形成创造了条件。尿路感染： 泌尿系统发生感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，增加肾结石形成的几率。像变形杆菌感染的患者，就可能因为细菌的存在而更容易长结石。感染会改变尿液的成分和酸碱度，有利于结石的形成。
生活方式相关
饮水不足： 每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质浓度升高，增加肾结石形成的可能性。正常人每天需要保证足够的饮水量，以维持尿液的稀释状态，防止晶体析出。如果喝水少，尿液中的各种成分就会相对浓缩，容易形成结石。饮食不当： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也与肾结石形成有关。比如长期大量食用菠菜、巧克力等富含草酸的食物，会使尿液中草酸含量升高；经常吃动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增多，都容易引发肾结石。