肝癌的肿瘤标志物是指在肝癌发生、发展过程中，由肝癌细胞本身合成、释放，或机体对肝癌细胞反应而产生的一类物质。常见的肝癌肿瘤标志物有甲胎蛋白（AFP），它是目前诊断肝癌常用的重要肿瘤标志物之一，约70%的肝癌患者AFP会升高，且其数值往往与肝癌的病情变化相关，比如肝癌患者AFP水平可能会大于400μg/L持续4周以上等情况要高度警惕肝癌。
甲胎蛋白（AFP）：
甲胎蛋白主要由胎儿肝细胞及卵黄囊合成。在成人，AFP主要由肝脏窦状隙的内皮细胞（枯否细胞）吞噬清除。当肝细胞发生癌变时，又可恢复产生这种蛋白质的功能，而且随着病情恶化它在血清中的含量会急剧增加。不过，AFP升高并不一定就是肝癌，像孕妇、肝炎活动期等情况也可能导致AFP轻度升高，但一般不会超过400μg/L。
异常凝血酶原（PIVKA - Ⅱ）：
异常凝血酶原也是诊断肝癌的重要肿瘤标志物。在肝癌细胞中，由于维生素K缺乏或拮抗剂2，3 - 环氧维生素K还原酶复合物I（EPCKI）的存在，使得凝血酶原前体无法正常羧化，从而产生异常凝血酶原。有研究表明，在肝癌患者中，异常凝血酶原的阳性率可达60%左右，它对于肝癌的早期诊断有一定辅助作用，尤其是对AFP阴性的肝癌患者有一定的诊断价值。
糖类抗原19 - 9（CA19 - 9）：
CA19 - 9在肝癌患者血清中也可能升高。它是一种粘蛋白型的糖类蛋白肿瘤标志物，是迄今报道的对胰腺癌敏感性最高的标志物。在肝癌患者中，CA19 - 9升高可能与肝癌细胞的分泌有关，不过它的特异性相对较差，因为胆道梗阻、胰腺炎等疾病也可能导致CA19 - 9轻度升高。一般来说，肝癌患者血清中CA19 - 9水平若明显升高，结合影像学等检查有助于肝癌的辅助诊断。