反流性食管炎主要是食管下括约肌功能障碍等多种因素引起。据研究，约有40%的反流性食管炎患者存在食管下括约肌压力降低的情况。
食管下括约肌功能异常
食管下括约肌结构异常： 食管下括约肌是位于食管和胃之间的一组肌肉，正常情况下它收缩能防止胃内容物反流到食管。当食管下括约肌的肌肉结构出现问题，比如先天性发育不良等，就会使它的功能减弱，无法有效阻挡胃内容物反流。食管下括约肌压力降低： 正常食管下括约肌压力能维持在一定水平，若这个压力低于正常范围，比如低于6mmHg时，就容易出现胃内容物反流至食管，从而引发反流性食管炎。
食管清除作用降低
食管蠕动异常： 食管的蠕动可以帮助将反流到食管的胃内容物往下推送回胃里。如果食管蠕动出现问题，比如蠕动减弱，那么反流物在食管内停留时间会延长，对食管黏膜的刺激时间也会增加，容易引发反流性食管炎。唾液分泌减少： 唾液有中和胃酸、清除反流物的作用。当唾液分泌减少时，比如一些老年人唾液腺功能减退，或者服用了某些影响唾液分泌的药物后，就不能很好地清除反流到食管的胃内容物，增加了反流性食管炎的发生风险。
胃排空延迟
胃内液体排空延迟： 正常情况下胃内液体能及时排空进入小肠。如果胃内液体排空延迟，会使胃内压力升高，当胃内压力高于食管下括约肌压力时，就更容易导致胃内容物反流进入食管。比如患有糖尿病的患者，由于自主神经病变等原因，常常会出现胃排空延迟的情况，进而增加反流性食管炎的发病几率。胃内固体排空延迟： 胃内固体食物排空也会受到多种因素影响，若排空延迟，同样会使胃内压力升高，促使胃内容物反流。例如，一些胃肠道手术后的患者，可能会出现胃排空延迟的现象，容易引发反流性食管炎。
饮食生活因素影响
肥胖： 过度肥胖的人腹部脂肪堆积较多，会增加腹内压，容易导致食管下括约肌压力降低，从而使胃内容物更容易反流到食管。研究发现，体重指数（BMI）超过25的人群，反流性食管炎的发病率比正常体重人群要高。饮食不当： 经常吃高脂肪、巧克力、咖啡等食物，这些食物会降低食管下括约肌压力，还会刺激胃酸分泌。比如长期大量饮用咖啡的人，患反流性食管炎的风险会明显增加。另外，进食过饱，尤其是睡前进食，会使胃内压力升高，更容易引发反流。