头皮毛囊炎通常可以外用抗生素类药物来治疗，比如莫匹罗星软膏，一般经过规范治疗能取得较好效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 它对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能抑制细菌蛋白质的合成，从而起到杀菌消炎的作用，可用于治疗细菌感染引起的头皮毛囊炎。一般直接涂抹在患处即可，使用比较方便。夫西地酸乳膏： 对引起头皮毛囊炎常见的金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌作用，能渗透进入皮肤，发挥抗菌消炎功效，帮助缓解头皮毛囊炎导致的红肿、疼痛等症状。
抗真菌类药物
酮康唑洗剂： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起，比如马拉色菌感染，酮康唑洗剂就比较适用。它可以抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢，从而达到抗真菌的效果。使用时取适量洗剂涂于湿润的头皮上，轻轻按摩至产生泡沫，停留3 - 5分钟后用清水冲洗干净。克霉唑溶液： 属于广谱抗真菌药，对多种真菌有一定的抑制作用，对于真菌引起的头皮毛囊炎有治疗作用，外用涂抹在头皮患处。
注意事项
保持头皮清洁： 患者要注意经常洗头，保持头皮的清洁卫生，但洗头时要注意动作轻柔，避免过度搔抓头皮，以免加重毛囊损伤。一般建议每天或隔天洗头一次，选择温和的洗发水。饮食调整： 饮食上要避免食用辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，这些食物可能会加重皮脂腺分泌，导致毛囊堵塞加重，不利于头皮毛囊炎的恢复。可以多吃一些新鲜的蔬菜和水果，补充维生素等营养物质。特殊人群情况： 儿童头皮出现毛囊炎时，家长要格外注意，不要自行随意用药，应在医生指导下选择合适的药物。孕妇如果患有头皮毛囊炎，用药更要谨慎，需咨询医生后再确定用药方案，因为某些药物可能会对胎儿产生影响。