头皮毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等。一般来说，轻度头皮毛囊炎可以外用莫匹罗星软膏等，这类药物价格通常在几元到十几元不等。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 它是一种局部外用的抗生素，对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能够抑制细菌的蛋白质合成，从而起到杀菌消炎的作用，适用于细菌感染引起的头皮毛囊炎。使用时需注意避免接触眼睛和其他黏膜部位。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌效果。它可以干扰细菌的代谢过程，达到抗菌消炎的目的。使用时要清洁头皮后，取适量均匀涂抹在患处。
抗真菌类药物
酮康唑洗剂： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的，酮康唑洗剂就比较适用。它能抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌的代谢，从而发挥抗真菌作用。一般每周使用2 - 3次，连续使用数周。联苯苄唑乳膏： 属于广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌等有抗菌作用。通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌功效，使用时涂抹在头皮患处，轻轻按摩至吸收。
中药类外用药
复方黄柏液涂剂： 具有清热解毒、消肿祛腐的作用。可以用纱布浸泡后湿敷在头皮毛囊炎的患处，能起到消炎、促进炎症消退的作用。使用前要清洁头皮，然后进行湿敷操作。龙珠软膏： 有清热解毒、消肿止痛、去腐生肌的功效。对于头皮毛囊炎出现红肿、疼痛、化脓等情况有一定的治疗作用，将软膏涂抹在患处即可。使用时要注意保持头皮清洁干燥。