巧克力囊肿形成的原因主要与子宫内膜异位有关。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，就会形成异位囊肿。这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，所以称为“巧克力囊肿”。
子宫内膜异位相关因素
经血逆流： 有研究发现，约10% - 15%的女性存在经血逆流现象，但并不是所有人都会形成巧克力囊肿，这可能与个体的免疫等因素有关。女性在月经期间，子宫收缩会促使经血从输卵管逆流进入盆腔。免疫因素： 人体的免疫系统正常情况下可以清除异位的子宫内膜细胞，但如果免疫系统出现异常，就可能无法及时清除逆流到盆腔的子宫内膜细胞，从而导致异位的子宫内膜细胞在卵巢等部位种植生长，逐渐形成巧克力囊肿。比如一些患有自身免疫性疾病的女性，发生巧克力囊肿的风险可能相对较高。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症相关疾病，那么个体发生巧克力囊肿的风险可能会增加。有研究表明，遗传因素大约占子宫内膜异位症发病原因的10% - 20%。例如，如果母亲患有巧克力囊肿，其女儿发生巧克力囊肿的几率比正常人群要高一些。基因相关： 一些特定的基因变异可能与巧克力囊肿的形成有关。目前已经发现了一些与子宫内膜异位症发病相关的基因位点，这些基因可能影响子宫内膜细胞的黏附、侵袭等特性，从而增加了巧克力囊肿形成的可能性。
内分泌因素作用
雌激素水平影响： 雌激素是促进子宫内膜生长的重要激素。体内雌激素水平过高会刺激子宫内膜过度生长，也更容易促使异位的子宫内膜细胞生长。例如，长期服用含有雌激素的药物，或者患有某些内分泌疾病导致雌激素水平异常升高的女性，发生巧克力囊肿的风险会增加。促性腺激素影响： 促性腺激素也参与了巧克力囊肿的形成过程。促性腺激素可以调节卵巢的功能，当促性腺激素失衡时，可能会影响卵巢对子宫内膜细胞的容纳等情况，进而促使巧克力囊肿的形成。比如一些患有多囊卵巢综合征的女性，由于体内促性腺激素的失衡，发生巧克力囊肿的几率相对较高。