巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症的一种病变，是子宫内膜组织异位到卵巢上，周期性出血形成的囊肿。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内性激素影响，每月脱落形成月经。但当子宫内膜“跑”到卵巢上，每次月经来潮时，异位的内膜也会出血，却排不出去，逐渐积聚形成囊肿，里面的陈旧血液像巧克力样黏稠，所以叫巧克力囊肿。
发病的常见因素
子宫内膜种植学说： 经血逆流是常见原因之一，月经期间，子宫内膜碎屑可能随经血通过输卵管逆流进入盆腔，种植在卵巢表面并生长，慢慢形成巧克力囊肿。据统计，约10% - 15%的育龄女性有经血逆流情况，但并非所有人都会发病。免疫因素： 人体免疫系统异常时，可能无法有效清除异位的子宫内膜细胞，导致其在卵巢等部位存活并增殖，引发巧克力囊肿。比如自身免疫性疾病患者，发生巧克力囊肿的风险相对较高。
与内分泌的关联
雌激素影响： 雌激素水平异常升高会促进子宫内膜细胞的生长和增殖。在正常生理状态下，雌激素调节着子宫内膜的周期性变化，但当体内雌激素代谢出现紊乱，异位的子宫内膜细胞受其刺激会不断生长，从而增加巧克力囊肿形成的几率。促性腺激素作用： 促性腺激素失衡也可能参与巧克力囊肿的形成。促性腺激素能调节卵巢的功能，若其分泌异常，会干扰卵巢内异位内膜的正常代谢，使得异位内膜难以被机体清除，进而逐渐发展为囊肿。
遗传易感性
家族遗传倾向： 有研究发现，巧克力囊肿具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有巧克力囊肿，那么其他女性成员患病的风险可能会增加。例如，母亲患有巧克力囊肿，女儿发病的几率比普通人群要高一些，但具体的遗传方式还不完全明确，可能是多基因遗传等复杂机制导致。