巧克力囊肿造成的原因目前尚不十分明确，但一般认为与子宫内膜异位症有关。子宫内膜组织本该在子宫腔内，但由于某些因素，这些组织跑到了卵巢部位，每月周期性出血，形成囊肿，就像巧克力一样，所以叫巧克力囊肿。
经血逆流因素
经期子宫收缩异常：女性在月经期间，子宫的收缩如果出现异常情况，就可能导致子宫内膜碎片通过输卵管逆流进入盆腔，种植在卵巢表面并生长，进而形成巧克力囊肿。据研究，约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，但并不是所有人都会发展为巧克力囊肿，这还与个体的自身修复等因素有关。经期宫腔操作影响：比如人工流产手术，可能会改变宫腔内的压力，使得子宫内膜碎片更容易逆流。还有剖宫产手术，子宫切口处如果有子宫内膜种植，也可能增加巧克力囊肿的发生风险。
免疫因素
自身免疫功能异常：人体的免疫系统如果出现异常，不能正常识别和清除异位的子宫内膜组织，就可能让这些组织在卵巢等部位生长，逐渐形成巧克力囊肿。例如，一些患有自身免疫性疾病的女性，相对更容易出现子宫内膜异位相关的问题，包括巧克力囊肿。
遗传因素
家族遗传倾向：如果家族中有女性亲属患有子宫内膜异位症相关疾病，那么其他女性成员患巧克力囊肿的风险可能会增加。有研究发现，遗传因素大约占子宫内膜异位症发病原因的20% - 30%左右，虽然具体的遗传机制还在进一步研究中，但遗传易感性是一个重要的方面。
内分泌因素
雌激素水平影响：雌激素对子宫内膜的生长有促进作用，体内雌激素水平过高时，会刺激子宫内膜异位组织的生长。例如，长期服用含有雌激素的药物，或者患有内分泌疾病导致雌激素分泌异常的女性，患巧克力囊肿的几率可能会升高。