子宫内膜异位症的发生与多种因素有关。目前认为，遗传因素可能起到一定作用，大约15%的子宫内膜异位症患者有家族史。另外，经血逆流也是一个重要原因，正常情况下，月经血从输卵管流入盆腔，但如果逆流的经血中含有子宫内膜细胞，这些细胞可能在盆腔内种植并生长，从而引发子宫内膜异位症。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如果家族中有直系亲属患有子宫内膜异位症，那么其他女性成员患病的风险会相对升高。研究发现，一级亲属（如母亲、姐妹）患有该病的女性，其发病风险比无家族史者高7 - 10倍。这可能与基因的遗传易感性有关，某些基因的突变或表达异常可能增加了患子宫内膜异位症的几率。
经血逆流因素
经期特殊情况影响： 在月经期间，子宫收缩可能会导致部分经血逆流。正常情况下，人体的免疫系统会清除这些逆流的内膜细胞，但如果免疫系统功能出现异常，无法及时清除这些细胞，它们就可能在盆腔内黏附、种植，逐渐形成异位病灶。比如，经期剧烈运动、性生活等可能会增加经血逆流的程度，从而提高患病风险。
免疫因素影响
免疫系统功能异常： 人体的免疫系统在清除异位的子宫内膜细胞过程中起重要作用。如果免疫系统出现缺陷，不能有效地识别和清除盆腔内异位的内膜细胞，这些细胞就会不断生长、蔓延，引发子宫内膜异位症。例如，一些自身免疫性疾病患者，由于免疫系统紊乱，患子宫内膜异位症的概率可能会增加。
其他潜在因素
内分泌因素： 雌激素水平过高可能促进子宫内膜细胞的生长和增殖。子宫内膜异位症患者体内雌激素水平往往比正常女性高，长期高水平的雌激素刺激可能促使异位的内膜细胞生长得更快。另外，孕激素水平异常也可能影响子宫内膜的正常代谢，增加子宫内膜异位症的发生风险。环境因素： 长期处于不良的环境中，如接触某些化学物质等，也可能对子宫内膜的正常状态产生影响，虽然具体机制还不十分明确，但有研究提示环境因素可能与子宫内膜异位症的发生存在一定关联。