子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，不过有几种主要因素较为常见。其中，经血逆流是一个重要因素，据研究，大约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，子宫内膜组织随着经血逆流至盆腔，就有可能在盆腔各处种植生长，从而引发子宫内膜异位症。
遗传因素
家族遗传倾向： 如果家族中有女性患有子宫内膜异位症，那么其他女性成员患病的风险会相对增加。研究发现，遗传因素大约占子宫内膜异位症发病原因的10% - 20%左右。如果一级亲属（如母亲、姐妹）患有该病，那么自身患病几率比没有家族史的人要高2 - 3倍。
免疫调节异常
免疫系统功能紊乱： 正常情况下，免疫系统能够识别和清除异位的子宫内膜组织，但当免疫系统出现异常时，就无法有效清除这些异位的组织。例如，体内的自然杀伤细胞活性降低，就不能很好地发挥对异位内膜细胞的杀伤作用，使得异位的子宫内膜组织能够在盆腔等部位存活、生长，进而引发子宫内膜异位症。而且这种免疫调节异常可能受到多种因素影响，包括自身的基因易感性等。
炎症反应参与
盆腔炎症刺激： 盆腔长期存在慢性炎症也与子宫内膜异位症的发生有关。比如盆腔炎性疾病反复发作，会导致盆腔内环境改变，炎症因子释放增加，这些炎症因子会促进子宫内膜细胞的黏附、侵袭和血管生成等过程，使得子宫内膜组织更容易在盆腔异位种植并生长，从而引发子宫内膜异位症。另外，腹腔液中的一些炎症相关指标异常，也可能参与了子宫内膜异位症的发病过程。