卵巢黄体功能不全主要是由多种因素引起的，比如内分泌调节异常等。一般来说，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱是常见原因之一。
内分泌调节方面的因素
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）以及垂体分泌的促黄体生成素（LH）、促卵泡生成素（FSH）等激素的分泌失衡，会影响卵巢黄体的正常发育和功能。例如，当垂体分泌的LH脉冲式分泌异常时，就可能导致卵巢黄体形成障碍，进而出现黄体功能不全。卵巢自身问题： 卵巢内的卵泡发育不良，会影响黄体的形成。比如卵泡期卵泡刺激素（FSH）分泌不足，会使卵泡发育迟缓，从而影响后续黄体的正常发育。另外，卵巢局部的酶系统异常也可能干扰黄体的合成与分泌，导致黄体功能不全。
其他潜在因素
高泌乳素血症： 体内泌乳素水平升高会抑制LH的分泌，进而影响黄体的功能。有研究发现，大约有一定比例（具体比例可能因研究不同有所差异）的黄体功能不全患者存在高泌乳素血症的情况。子宫内膜异位症： 患有子宫内膜异位症的女性，盆腔内环境发生改变，会影响卵巢的正常功能，导致黄体功能不全的发生风险增加。子宫内膜异位症患者体内的一些炎症介质等可能干扰卵巢黄体的正常生理过程。生活方式因素： 长期的精神压力过大、过度劳累等也可能对卵巢黄体功能产生影响。长期精神紧张会通过神经内分泌系统影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴，导致激素分泌紊乱，影响黄体功能。而且长期熬夜等不良生活习惯也可能干扰内分泌调节，增加黄体功能不全的发生几率。