黄体功能不全主要是由多种因素引起的。一般来说，内分泌失调是重要原因之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱，可能导致促卵泡生成素、促黄体生成素比例失调，影响黄体的正常发育。另外，子宫内膜异位症患者发生黄体功能不全的概率相对较高，有研究发现约15% - 20%的子宫内膜异位症患者存在黄体功能不全情况。还有一些全身性疾病，像甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能干扰黄体的正常功能，进而引发黄体功能不全。
内分泌因素影响
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素以及垂体分泌的促卵泡生成素、促黄体生成素若出现分泌量或比例失调，就会影响黄体的形成和功能。比如促黄体生成素峰值不足，就无法很好地促使黄体正常发育。卵巢自身问题： 卵巢内的卵泡发育不良，会影响黄体的形成。例如卵泡期卵泡生长缓慢，到了排卵时卵泡质量不佳，那么形成的黄体功能也可能出现异常。
子宫内膜异位症关联
内膜异位影响激素： 子宫内膜异位症会改变盆腔内的微环境，影响局部的激素调节。异位的内膜组织会释放一些物质，干扰卵巢的正常排卵和黄体形成过程，使得黄体分泌的孕激素量不足。发病概率情况： 前面提到约15% - 20%的子宫内膜异位症患者存在黄体功能不全，这是因为异位内膜对卵巢功能产生了一系列复杂的干扰作用。
全身性疾病干扰
甲状腺功能异常： 甲状腺激素对女性生殖内分泌有重要调节作用。甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会干扰黄体的正常功能，导致孕激素分泌异常，引发黄体功能不全。其他全身性疾病： 比如高泌乳素血症，过高的泌乳素水平会抑制促性腺激素的分泌，从而影响黄体的发育和功能。