治疗萎缩性胃炎的药物主要包括抑酸剂、胃黏膜保护剂、促进胃肠动力药等。一般来说，根据病情不同用药有差异，比如常用的抑酸剂有质子泵抑制剂等。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能抑制胃酸分泌，常见的有奥美拉唑，它可以特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而减少胃酸对胃黏膜的刺激。H₂受体拮抗剂：像雷尼替丁也是常用的，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，适用于轻至中度萎缩性胃炎患者。
胃黏膜保护剂类药物
铋剂：例如枸橼酸铋钾，它在胃内酸性条件下形成弥散性的保护层覆盖于溃疡面上，阻止胃酸、酶及食物对溃疡的侵袭，还能促进胃黏膜分泌黏液，对胃黏膜有保护作用。铝碳酸镁：它可以中和胃酸，并且能吸附胃蛋白酶等物质，保护胃黏膜，还能促进胃黏膜前列腺素的合成，有利于胃黏膜的修复。
促进胃肠动力药类药物
多潘立酮：能增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而改善消化不良症状，对于萎缩性胃炎伴有腹胀等症状的患者适用。莫沙必利：可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良等症状，对萎缩性胃炎引起的胃肠动力不足有一定的改善作用。
根除幽门螺杆菌相关药物
如果萎缩性胃炎是由幽门螺杆菌感染引起的，通常会采用四联疗法，即一种质子泵抑制剂（如奥美拉唑）+两种抗生素（如阿莫西林、克拉霉素）+一种铋剂（如枸橼酸铋钾）。抗生素的选择需要根据患者的具体情况和耐药情况来定，比如阿莫西林如果患者有青霉素过敏史就不能使用，此时会换用其他合适的抗生素。