萎缩性胃炎的治疗药物需根据病情来选，常用的有抑酸剂、胃黏膜保护剂等。比如质子泵抑制剂中的奥美拉唑，能有效抑制胃酸分泌，一般可以长期用于控制胃酸相关症状，但长期使用需注意可能影响钙吸收等问题；H₂受体拮抗剂如雷尼替丁，也能起到抑制胃酸的作用，不过可能存在个体对药物反应不同的情况。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：像奥美拉唑，它通过抑制胃壁细胞上的质子泵来减少胃酸分泌，对于萎缩性胃炎伴有反酸、烧心等症状的患者较为适用。一般来说，它能持续抑制胃酸分泌较长时间，但长期使用要留意可能出现的不良反应，比如部分人可能会有头痛、腹泻等情况。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，它能选择性地阻断组胺H₂受体，从而减少胃酸分泌。它的作用时间相对质子泵抑制剂短一些，不过也能缓解因胃酸过多引起的胃部不适，使用时要注意它可能与其他药物有相互作用，比如与华法林合用时需调整剂量。
胃黏膜保护剂类药物
铋剂：常见的有枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，隔绝胃酸、胃蛋白酶等对胃黏膜的刺激，促进胃黏膜的修复。不过要注意，长期大量服用铋剂可能会导致铋在体内蓄积，引起神经系统毒性等问题，所以不能长时间超剂量服用。铝碳酸镁：它能中和胃酸，还可以吸附胆汁，对胃黏膜有保护作用。服用后能快速缓解胃部的不适症状，比如胃痛、胃胀等，而且不良反应相对较少，但如果大量服用可能会引起便秘等情况。
促胃肠动力类药物
多潘立酮：它可以促进胃肠道的蠕动，加快胃排空，对于萎缩性胃炎伴有消化不良、腹胀等症状的患者有帮助。不过，心脏病患者以及接受化疗的肿瘤患者要慎用，因为它可能会有一些心血管方面的不良反应风险。莫沙必利：也是一种促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道的蠕动。相比多潘立酮，它对心血管系统的影响较小，但同样也有一些注意事项，比如与抗胆碱能药物合用时可能会减弱其作用，使用时需要注意药物之间的相互作用。