毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重等情况选择，一般轻度毛囊炎可外用药物，中重度可能需要配合口服药物。对于细菌感染引起的毛囊炎，常用的外用药物有莫匹罗星软膏等，一般涂抹后能起到一定的抗菌消炎作用。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，像金黄色葡萄球菌、链球菌等导致的毛囊炎可以用。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌功效，直接涂抹在患处就行。夫西地酸乳膏： 对与皮肤感染有关的革兰阳性球菌有显著抗菌活性，尤其是对耐青霉素的菌株效果较好，对于毛囊炎局部涂抹能帮助消除炎症。
抗真菌外用药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的，酮康唑乳膏就有用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢，进而起到抗真菌作用，涂抹在患处保持清洁干燥。特比萘芬乳膏： 同样针对真菌感染引发的毛囊炎，能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，发挥抗真菌活性，外用涂抹于患处。
口服药物情况
抗生素类口服药： 当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过要注意如果对头孢过敏就不能用。它通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌，从而控制毛囊炎的感染情况，但使用前需要医生评估是否适用。抗真菌口服药： 如果是顽固的真菌性毛囊炎，可能会用到伊曲康唑等抗真菌口服药。但这类药物有一定的肝肾毒性等副作用，使用时需要严格遵循医嘱，医生会根据患者具体情况判断是否使用及用量等。一般来说，轻度的毛囊炎外用药物可能就可以解决问题，而中重度的可能需要内外结合用药。同时，在用药治疗毛囊炎时，要注意保持皮肤清洁卫生，避免搔抓等刺激，防止病情加重或复发。如果毛囊炎情况持续不缓解或者加重，应及时就医，让医生根据具体病情调整治疗方案。