头皮毛囊炎可以使用外用药物或口服药物来治疗。一般来说，外用药物是常用的起始治疗方法。
外用药物治疗
抗生素类外用膏剂：如果是细菌感染引起的头皮毛囊炎，可使用莫匹罗星软膏。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染。还有夫西地酸乳膏，对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。抗真菌类外用制剂：要是真菌感染导致的头皮毛囊炎，像酮康唑洗剂就可以使用。它能抑制真菌细胞膜麦角甾醇的合成，影响真菌的代谢，起到抗真菌的效果。还有联苯苄唑乳膏，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌作用。
口服药物治疗
抗生素类口服药：当头皮毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过使用前需要确定患者不对头孢过敏。还有大环内酯类的阿奇霉素，它可以抑制细菌蛋白质的合成，从而达到抗菌消炎的目的。抗真菌类口服药：如果是顽固的真菌感染引起的头皮毛囊炎，可能会用到伊曲康唑。但伊曲康唑需要注意肝功能情况，使用前最好检测肝功能，它能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜的合成。
日常注意事项辅助治疗
头皮清洁：要保持头皮清洁卫生，建议每天用温和的洗发水清洗头发，但也不要过度清洗，以免破坏头皮的正常屏障。一般来说，2 - 3天清洗一次头发比较合适。生活习惯：要养成良好的生活习惯，保证充足的睡眠，避免熬夜。同时，要注意饮食清淡，少吃辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，这些食物可能会加重头皮毛囊炎的症状。比如尽量少吃油炸食品、辣椒等。