牙周炎的药物治疗需根据病情来选，一般会用到抗菌药物等。比如硝基咪唑类药物中的甲硝唑，它对厌氧菌有较好的抑制作用，但2岁以下儿童禁用。
抗菌药物类
硝基咪唑类药物：像甲硝唑，能抑制牙周炎相关厌氧菌的生长繁殖，不过2岁以下儿童禁止使用。还有替硝唑，抗菌谱与甲硝唑相似，对厌氧菌的作用更强些，不过也有一些禁忌情况，比如对替硝唑过敏者不能用。
抗炎类药物
非甾体抗炎药：布洛芬属于这类药物，能缓解牙周炎引起的疼痛和炎症，但有消化道溃疡病史的人要慎用，因为可能会加重溃疡情况。阿司匹林也有抗炎止痛作用，不过哮喘患者服用可能会诱发哮喘发作，需谨慎使用。
局部用药
含漱剂：氯己定含漱液就是常见的局部含漱剂，它能抑制菌斑形成，减少牙周袋中的细菌，一般每天使用2 - 3次，每次含漱30秒左右。不过长期使用可能会使牙齿和舌面着色，停药后可逐渐消退。局部涂布药物：米诺环素凝胶可局部涂布在牙周袋内，能持续释放药物发挥抗菌作用，它对多种牙周致病微生物有抑制效果，但使用时要注意正确操作，避免药物接触到口腔黏膜的其他部位。
辅助用药
补充维生素类：维生素C有助于维持牙龈组织的健康，牙周炎患者可以适当补充，一般建议每天摄入100 - 200毫克，但不要过量服用，过量可能会有一些不良反应。维生素B族也对口腔健康有一定帮助，比如维生素B12参与细胞的代谢等过程，对牙龈组织的修复可能有一定作用。