一般情况下，自然流产孕囊会在3-7天内排出。具体如下：
一、自然流产：指怀孕前20周内，在未被故意干预时，胎儿因无法继续健康发育，从而导致胚胎或胎儿自动从子宫内排出的过程。
1.孕囊：是怀孕早期形成的囊状结构，其中包含胚胎和羊膜囊，能起到保护和滋养胚胎的作用。
2.排出过程：自然流产时，子宫会收缩和蜕变，以促使胚胎或胎儿排出体外，此过程常伴有子宫出血和子宫颈扩张，进而使孕囊及其内部结构被排出。
(1)若孕妇子宫收缩有力，可能3天内就能排出孕囊。
(2)若孕妇体质较差，子宫收缩无力，则可能需要7天时间才能排出孕囊。
二、孕囊残留处理：如果孕囊残留在宫腔，孕妇应前往正规医院，通过清宫术清除孕囊，以防感染。
总之，自然流产后孕囊通常在3-7天内排出，若有残留需及时处理。