怀孕初期上厕所擦到褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.着床出血：受孕后，受精卵在子宫壁上着床，可能会导致轻微的出血，表现为褐色分泌物。这种情况通常发生在受孕后的1-2周内，是正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.先兆流产：如果褐色分泌物伴有下腹部疼痛、坠胀感，或者阴道出血量增加，可能是先兆流产的迹象。这可能与胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等因素有关。需要及时就医，医生可能会建议卧床休息、使用孕激素等保胎治疗。
3.异位妊娠：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢等，称为异位妊娠。异位妊娠可能会导致阴道流血，颜色可为褐色或鲜红色。异位妊娠是一种危险的情况，可能会引起大出血，甚至危及生命。如果怀疑异位妊娠，应尽快就医，进行超声检查等明确诊断，并采取相应的治疗措施。
4.宫颈疾病：宫颈息肉、宫颈炎等宫颈疾病也可能导致阴道分泌物异常，出现褐色分泌物。医生会进行妇科检查，以确定是否存在宫颈病变。
5.其他原因：孕妇过度劳累、孕酮水平低、胎盘前置等也可能导致怀孕初期出现褐色分泌物。
需要注意的是，褐色分泌物也可能是其他健康问题的信号，如阴道炎、子宫内膜息肉等。因此，如果出现怀孕初期上厕所擦到褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定具体原因，并采取相应的措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉悦，按照医生的建议进行产前检查。