怀孕初期上厕所有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕初期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能是由于胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形或其他潜在的问题导致的。孕妇应立即卧床休息，并尽快就医进行详细的检查，如超声检查和孕激素水平测定。医生可能会根据具体情况建议采取保胎治疗，如卧床休息、补充孕激素等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫以外的部位着床，称为异位妊娠。其中，最常见的是输卵管妊娠。异位妊娠可能导致阴道流血，颜色可为褐色或鲜红色。B超检查和血β-HCG测定有助于诊断。一旦确诊为异位妊娠，需要及时治疗，通常采用手术或药物治疗，以避免破裂引起大出血。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜的增生形成的赘生物，质地脆弱，容易在性生活或妇科检查时出血，表现为阴道分泌物中有血丝或褐色分泌物。医生会通过妇科检查发现宫颈息肉，并在直视下进行息肉摘除术。
4.其他原因：除了上述情况，阴道炎、宫颈炎、胎盘前置等也可能导致怀孕初期出现褐色分泌物。
无论是哪种情况，孕妇都应该及时就医，进行详细的检查和诊断。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案，并给予孕妇适当的建议和指导。在怀孕初期，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心态，按照医生的建议进行产前检查。如果出现阴道流血增多、腹痛等异常情况，应立即就医。