胎记的形成与多种因素有关。一般来说，胎记是在胚胎发育过程中，皮肤组织在发育时异常的增生，从而在皮肤表面出现形状和颜色的异常。
血管型胎记的形成
先天性血管发育异常： 血管型胎记中的鲜红斑痣，是由于胚胎时期，控制血管发育的基因片段出现小范围错构，导致特定部位的血管内皮细胞异常增殖形成。这种异常增殖在胚胎早期就已出现，随着婴儿出生后身体的生长，鲜红斑痣可能会逐渐增大、颜色加深。血管畸形导致： 海绵状血管瘤也是常见的血管型胎记，是因为胚胎发育过程中，原始血管网异常分化，形成了异常的血管团。这些血管团内的血管结构异常，有的扩张、有的迂曲，从而在皮肤表面或皮下形成隆起的、颜色暗红或紫红色的胎记。
色素型胎记的形成
色素细胞聚集： 太田痣的形成与胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行期间，由于某种原因未能通过表皮、真皮交界，停留在真皮内而形成病变。一般在婴儿出生时或出生后不久出现，而且颜色会随着年龄增长而加深、面积扩大。遗传与色素代谢异常： 咖啡斑的形成可能与遗传因素有关，部分咖啡斑患者有家族史。同时，也与色素代谢过程中某些环节出现异常有关，导致皮肤内的黑色素细胞产生过多的黑色素，聚集形成大小不一、形状不规则的咖啡斑。
其他类型胎记的形成
皮脂腺痣的胚胎发育因素： 皮脂腺痣是由皮脂腺等皮肤附属器构成的一种错构瘤，其形成是在胚胎发育的第10 - 16周时，皮肤附件结构发生异常发育所致。这种胎记通常在出生时或出生后不久出现，表现为黄色、隆起的斑块，随着年龄增长，斑块可能会逐渐增厚、增大。结缔组织痣的胚胎发育异常： 结缔组织痣是由于真皮结缔组织发育异常所致，具体的形成机制可能与胚胎发育过程中，成纤维细胞的增殖和胶原纤维的合成异常有关。这种胎记一般在儿童期或青春期出现，表现为皮肤表面的坚实结节或斑块，颜色多为正常肤色或淡黄色。