手足口病主要的传染源是感染了肠道病毒的人。其中，发病期的患儿是重要的传染源，在发病后的1周内传染性较强。
患儿是主要传染源之一
急性期患儿： 处于手足口病急性期的患儿，其体内携带大量肠道病毒，这些病毒会通过患儿的粪便、呼吸道分泌物（如咳嗽、打喷嚏产生的飞沫）以及疱疹液等排出体外。例如，患儿粪便中的肠道病毒可以污染周围环境，如玩具、餐具、衣物等，如果健康人接触了被污染的物品，就有可能被感染。恢复期患儿： 即使患儿病情进入恢复期，仍可能在一定时间内携带肠道病毒并排出体外，具有传染性，不过相对急性期患儿来说，传染性会逐渐减弱，但也不能掉以轻心。
隐性感染者也是传染源
无症状隐性感染： 有些人体内感染了肠道病毒，但并没有出现手足口病的典型症状，如发热、皮疹等，但他们却能排出病毒，成为隐性传染源。这些隐性感染者自己可能都不知道感染了病毒，却在不知不觉中传播病毒。比如，一个隐性感染者接触了其他孩子，在与孩子的日常接触过程中，就可能通过密切接触（如握手、拥抱等）将病毒传播给对方。持续排毒者： 少数情况下，个别人可能会成为持续排毒者，长时间携带并排出肠道病毒，增加了疾病传播的风险。
传播途径与传染源的关联
肠道病毒主要通过粪 - 口途径传播，比如被患儿粪便污染的水、食物等被健康人摄入后就会感染；也可以通过呼吸道飞沫传播，患儿咳嗽、打喷嚏产生的含有病毒的飞沫被他人吸入后也会引发感染；还可以通过接触被病毒污染的物品间接传播，像前面提到的被患儿疱疹液污染的玩具等，健康人接触后用手触摸口鼻等部位就可能感染。所以，传染源排出的病毒通过这些传播途径就会导致更多人感染手足口病。