总胆固醇偏低可能由多种原因引起。一般来说，总胆固醇水平低于5.2mmol/L可视为偏低。
饮食因素导致
摄入不足： 如果日常饮食中缺乏富含胆固醇的食物，像动物内脏、蛋黄等摄入过少，就可能引发总胆固醇偏低。比如长期素食且不额外补充富含胆固醇食物的人，总胆固醇水平往往容易偏低。营养不均衡： 长期挑食、节食会造成营养摄入不均衡，除了胆固醇，其他营养物质也缺乏，这也会影响总胆固醇的水平，使得总胆固醇偏低。
疾病因素影响
甲状腺功能亢进： 患有甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会加快机体新陈代谢，影响脂质代谢，导致总胆固醇合成减少，从而出现总胆固醇偏低的情况。肝脏疾病： 像肝硬化、肝炎等肝脏疾病会影响胆固醇的合成。肝脏是合成胆固醇的主要场所，肝脏功能受损后，胆固醇合成能力下降，就会引起总胆固醇偏低。例如肝硬化患者，由于肝脏实质细胞广泛破坏、变性、坏死与再生，其合成胆固醇等物质的功能受到影响。
其他因素作用
年龄与性别： 一般来说，年轻人总胆固醇水平相对稳定，而老年人由于身体机能下降，胆固醇合成能力减弱，总胆固醇可能偏低。女性在绝经前由于雌激素的保护作用，总胆固醇水平通常比男性低，绝经后雌激素水平下降，总胆固醇水平会有所上升，但部分女性绝经后仍可能出现总胆固醇偏低的情况。长期大量饮酒： 长期大量饮酒会损害肝脏功能，影响胆固醇的代谢和合成，还会干扰脂质的正常代谢过程，进而导致总胆固醇偏低。比如每天饮酒量较大，持续多年的人，更容易出现总胆固醇偏低的状况。