克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，主要症状多样。约1/3的患者会出现腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，进食后加重，排便后可缓解。腹泻也是常见症状，每天排便次数不等，可为稀便，严重时每日可达10余次，粪便多无脓血或黏液。
肠道相关症状表现
腹痛特点： 腹痛部位常与病变部位有关，病变累及回肠末端时，疼痛多发生在右下腹；病变累及小肠上段时，疼痛可在脐周。疼痛性质多样，有的患者表现为间歇性发作，发作时疼痛较明显，缓解期可能无明显不适。腹泻情况： 腹泻程度因人而异，轻的患者可能每天腹泻3 - 4次，重的患者腹泻次数更多。部分患者腹泻与进食有关，进食后肠道蠕动加快，容易引发腹泻。
全身症状表现
发热： 部分患者会出现发热症状，多为间歇性低热或中度发热，少数患者可出现高热。发热可能是由于肠道炎症反应导致身体的免疫应答引起的。一般来说，体温在37.5℃ - 38.5℃较为常见，少数患者体温可超过38.5℃。体重下降： 由于肠道炎症影响营养物质的吸收，患者可能会出现体重下降的情况。在疾病活动期，体重下降较为明显，有的患者1个月内体重可下降5 - 10公斤。长期体重下降会导致患者身体虚弱，抵抗力下降。
肠道外表现
口腔黏膜病变： 部分患者会出现口腔黏膜溃疡，表现为口腔内有疼痛性的溃疡点，影响进食。口腔溃疡的发生与肠道炎症的全身免疫反应有关，一般溃疡大小不等，形状不规则。关节症状： 约20% - 30%的患者会出现关节疼痛、肿胀等症状，以大关节受累为主，如膝关节、踝关节等。关节症状可能在肠道炎症活动时加重，缓解期有所减轻。