克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，其主要症状多样。通常患者会出现消化道相关症状，比如约有80% - 90%的患者会有腹痛表现，多位于右下腹或脐周，一般为隐痛或钝痛，偶尔呈痉挛性痛，进食后加重，排便后可暂时缓解。
消化道症状表现
腹痛： 除了上述的位置和特点外，腹痛还可能因病变部位不同而有差异，若累及回肠末端主要表现为右下腹疼痛；病变在结肠者，疼痛多位于下腹部或左下腹部。而且病情严重时，腹痛可持续存在。腹泻： 也是常见症状之一，多数患者腹泻每天数次，粪便多为糊状，一般无脓血和黏液。病变累及结肠下段或直肠时，可有黏液血便及里急后重感。
全身表现
发热： 部分患者会出现发热症状，多为间歇性低热或中度热，少数呈弛张高热伴毒血症。有时发热是本病的首发症状，可伴有夜间盗汗等表现。营养障碍： 由于肠道吸收不良、慢性腹泻等原因，患者可能出现体重减轻、消瘦、贫血、低蛋白血症等营养障碍表现，儿童患者还可能影响生长发育。
肠外表现
口腔黏膜病变： 约有10% - 20%的患者会出现口腔黏膜溃疡，表现为口唇、颊黏膜等部位的小溃疡。关节炎： 部分患者可出现外周关节炎，以大关节受累为主，如膝关节、踝关节等，表现为关节肿胀、疼痛、活动受限等，有时还可伴有结节性红斑等皮肤表现。