克罗恩病是一种慢性炎症性肠道病，其主要症状多样。约1/4的患者会出现腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，进食后可能加重，排便后可稍有缓解。
肠道相关症状
腹泻：是常见症状之一，多数患者排便次数增多，可为每日数次至十余次不等。粪便多为糊状，一般无脓血和黏液，但病变累及结肠下段或直肠时，可有黏液血便。部分患者腹泻与便秘交替出现。腹部包块：约10% - 20%的患者可出现腹部包块，多位于右下腹与脐周。包块可因肠粘连、肠壁增厚、肠系膜淋巴结肿大、内瘘或局部脓肿形成所致。
全身症状
发热：约1/3的患者会有发热表现，可为间歇性低热或中度热，少数呈弛张高热伴毒血症。发热多与肠道炎症活动及继发感染有关。营养不良：由于肠道吸收不良、慢性消耗等原因，患者可出现体重减轻、贫血、低蛋白血症等营养不良表现，儿童患者还可能影响生长发育。
肠外表现
口腔黏膜溃疡：约10% - 20%的患者有口腔黏膜溃疡，表现为唇、颊黏膜等部位的小溃疡。关节炎：部分患者可出现外周关节炎，以大关节受累为主，如膝关节、踝关节等，可伴肿胀、疼痛。还有少数患者会出现强直性脊柱炎等脊柱关节病。皮肤病变：可见结节性红斑、坏疽性脓皮病等皮肤表现，结节性红斑多见于下肢，表现为红色痛性结节；坏疽性脓皮病则表现为皮肤的溃疡性病变。