产后三个月同房会疼可能由以下原因导致：
一、子宫没有完全恢复好：
1.若是剖宫产后，产后子宫需要一定时间来恢复，具体时间因患者自身情况而异。
二、妇科疾病：
1.对于顺产情况，出现同房后疼痛多数可能与阴道炎有关，如宫颈炎、子宫内膜异位症、附件炎、盆腔炎以及其他子宫病变都有可能引起性生活后疼痛。
建议先前往医院妇科进行细致检查，明确病因后遵循医嘱进行对症治疗。同时，患者自身要调整心态，保持积极乐观，这对妇科疾病治疗有较大作用。日常生活中要注意保持个人卫生，内裤最好每日更换，穿着宽松、舒适、透气的衣物。饮食上尽量减少辛辣刺激性食物的摄入。同房前最好男女双方都进行清洗，可避免妇科炎症。产后可能因阴道较干涩导致性生活有一些不适，有性生活时可选用含润滑剂的避孕套来增加阴道润滑度。总之，对于产后三个月同房疼痛的情况，要重视并及时查找原因进行处理。