颈源性头痛的发病原因主要与颈椎相关结构的病变有关。据临床统计，约有 30% - 70%的头痛患者与颈椎问题存在关联，其中颈源性头痛较为常见。
颈椎结构病变相关
颈椎骨质增生： 随着年龄增长，颈椎椎体边缘会出现骨质增生，当增生的骨质刺激周围的神经、肌肉等组织时，就可能引发颈源性头痛。一般40岁以上人群颈椎骨质增生的发生率会逐渐升高，从而增加颈源性头痛的发病风险。椎间盘退变： 颈椎间盘发生退变时，椎间盘的高度会降低，椎间隙变窄，进而导致颈椎的稳定性受到影响，刺激周围的神经组织，引发头痛。通常20岁以后颈椎间盘就开始出现退变迹象，随着年龄增加退变程度会逐渐加重。
颈部肌肉劳损相关
长期不良姿势： 长时间低头工作、看手机等，会使颈部肌肉长期处于紧张状态，容易导致颈部肌肉劳损。比如每天连续低头工作超过2小时，颈部肌肉发生劳损的概率就会明显增加，长期如此就可能引发颈源性头痛。颈部外伤： 颈部受到外伤后，如车祸导致的颈部撞击、运动时的颈部扭伤等，可能会损伤颈部的肌肉、韧带等组织，影响颈椎的正常结构和功能，进而引发颈源性头痛。颈部外伤后1 - 2周内就可能出现头痛等相关症状。
颈椎关节紊乱相关
小关节错位： 颈椎的小关节发生错位时，会改变颈椎的正常力学结构，刺激周围的神经和软组织，引起头痛。这种小关节错位可能是由于突然的颈部扭转等动作导致，一旦发生小关节错位，就有可能在短时间内引发颈源性头痛。寰枢关节异常： 寰枢关节如果出现异常，如半脱位等情况，会影响颈椎的正常活动和力学平衡，进而对颈部的神经、血管等产生刺激，导致颈源性头痛的发生。寰枢关节异常可能在一些特殊的颈部受力情况下出现，如颈部受到猛烈的外力冲击等。