阴茎根部两侧胀痛可能由外伤、前列腺炎、精索静脉曲张等因素导致，应尽快就医诊治。具体如下：
一、外伤：
1.可能因长时间摩擦、撞伤等外伤刺激，使阴茎根部受到影响，进而出现局部红肿、胀痛现象。
2.治疗上，可在医生指导下外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物。
二、前列腺炎：
1.多因性生活不卫生、长时间久坐、饮食不洁净等原因，致使细菌易进入体内，刺激前列腺，引发阴茎根部两侧胀痛，还可能伴有性功能障碍等表现。
2.可及时就医，遵医嘱服用前列舒乐胶囊、普乐安片等药物进行治疗。
三、精索静脉曲张：
1.通常是由于剧烈运动、长时间站立等情况，导致静脉受压，血液回流不畅，从而引起阴茎根部两侧胀痛。
2.可及时就诊，按医嘱服用迈之灵片、布洛芬缓释胶囊等药物。
此外，还可能与附睾炎、尿道炎等疾病有关。
总之，当出现阴茎根部两侧胀痛时，要及时就医明确原因，并在医生指导下进行针对性治疗。