治疗牙周炎常用的药物有抗生素类、硝基咪唑类等。一般来说，抗生素类药物如阿莫西林等可用于控制牙周炎的细菌感染，硝基咪唑类药物像甲硝唑对牙周炎的厌氧菌感染有较好疗效。
抗生素类药物
阿莫西林： 属于青霉素类抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用，可用于牙周炎伴有细菌感染的情况，但对青霉素过敏者禁用。头孢菌素类： 例如头孢氨苄，通过干扰细菌细胞壁合成来杀菌，对多种细菌有抑制作用，使用前需确认患者无头孢菌素过敏史。
硝基咪唑类药物
甲硝唑： 主要针对厌氧菌，能阻碍细菌代谢，杀灭牙周炎中的厌氧菌，但孕妇及哺乳期妇女禁用，服用期间不能饮酒。替硝唑： 抗菌谱与甲硝唑相似，对厌氧菌的抑制效果较好，副作用相对甲硝唑较轻，但也有胃肠道不适等可能，同样孕妇及哺乳期妇女慎用。
辅助类药物
氯己定含漱液： 具有广谱抗菌作用，能减少口腔中的细菌数量，使用时需注意含漱时间和方法，一般含漱1分钟左右，每天2 - 3次，长期使用可能会使牙齿和舌苔染色。碘甘油： 局部涂抹可起到消炎、收敛的作用，直接涂抹在牙龈沟内，能缓解牙周炎引起的红肿、疼痛等症状，但对碘过敏者禁用。