治疗牙周炎常用的药物主要有以下几类。一般来说，治疗牙周炎会用到抗菌药物等，比如甲硝唑等硝基咪唑类药物是常用的抗厌氧菌药物。
抗菌药物类
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗菌药，对厌氧菌有较好的抑制作用，能帮助控制牙周炎患者口腔内的厌氧菌感染。不过，孕妇及哺乳期女性要避免使用，因为可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。阿莫西林： 是一种广谱青霉素类抗生素，与甲硝唑联合使用时，可增强对牙周炎相关细菌的抗菌效果。但对青霉素过敏的患者不能使用阿莫西林。
局部用药类
米诺环素凝胶： 这是局部使用的抗菌药物凝胶，直接作用于牙周袋内，能持续释放药物，抑制牙周致病菌。一般在牙周洁治等基础治疗后局部应用，使用相对方便。碘甘油： 具有收敛、消炎的作用，可用于牙周袋的局部涂抹，能减轻牙龈的炎症、红肿等症状，价格较为低廉，使用也比较简单。
辅助类药物
氯己定含漱液： 日常可以用来含漱，它能抑制口腔内的细菌附着，减少菌斑的形成。一般建议每天使用2 - 3次，每次含漱30秒左右，但长期使用可能会使牙齿和舌苔染色，所以使用后要注意清洁。布洛芬： 当牙周炎患者出现比较明显的疼痛症状时，可以短期服用布洛芬来缓解疼痛。不过，有消化道溃疡等疾病的患者要谨慎使用，最好在医生指导下服用。