单纯性肾囊肿的发病原因目前尚未完全明确，不过有一些相关因素被认为与它的发生有关。一般来说，单纯性肾囊肿多见于成年人，随着年龄增长，发病几率会逐渐增加，比如50岁以上人群中，单纯性肾囊肿的检出率相对较高。
遗传因素相关
基因层面的关联： 部分单纯性肾囊肿可能与遗传因素有关。有研究发现，某些特定的基因变异可能会增加患单纯性肾囊肿的风险。虽然具体的遗传模式还在持续研究中，但基因的变化在其发病机制里起到了一定作用。家族聚集现象： 如果家族中有亲属患有单纯性肾囊肿，那么家族其他成员患单纯性肾囊肿的可能性相对会比普通人群高一些。不过这也不是绝对的，只是存在一定的遗传易感性。
肾脏结构与功能变化
肾小管憩室演变： 单纯性肾囊肿很可能是由肾小管憩室发展而来。在肾脏的正常结构中，肾小管会形成一些憩室样结构，随着时间推移和各种因素影响，这些憩室可能逐渐扩大，进而形成单纯性肾囊肿。肾脏微循环改变： 肾脏局部的微循环发生变化时，也可能影响肾小管的正常功能，导致囊肿形成。比如肾脏局部的血流供应出现异常，使得肾小管周围的微环境改变，为囊肿的形成创造了条件。
其他潜在因素
年龄相关变化： 随着年龄的增长，肾脏的结构和功能都会发生一系列变化，这也包括肾脏出现单纯性肾囊肿的几率增加。年龄越大，肾脏的肾小管憩室等结构发生演变的可能性就越高。代谢因素影响： 一些代谢方面的因素也可能与单纯性肾囊肿的发病有关。例如，体内的一些代谢产物异常堆积，可能会对肾脏组织产生影响，干扰肾脏的正常结构和功能，从而促使单纯性肾囊肿的形成。不过目前对于代谢因素具体如何影响单纯性肾囊肿的发病，还需要进一步深入研究来明确。