灰指甲治疗可采用外用药物或口服药物等方法，一般外用抗真菌药物疗程较长，而口服抗真菌药物起效相对快些，但需注意药物可能带来的肝肾影响。
外用药物治疗
局部涂抹类：像阿莫罗芬搽剂就可用于灰指甲治疗。它能在指甲表面形成药膜，持续释放药物抑制真菌生长。不过使用时要注意，得先把病甲尽量修薄，这样药物才能更好渗透，但修甲时要小心别伤到周围皮肤。一般每周使用1 - 2次，坚持使用数月才有效果。药膏类：复方苯甲酸软膏也可辅助治疗灰指甲。它有一定抗真菌作用，能软化病甲。使用时涂抹在病甲及周围皮肤，不过对于较严重的灰指甲，单纯靠药膏效果可能不太理想，通常需要配合其他治疗方式。
口服药物治疗
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药，它采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成来发挥作用。但服用前要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬：也是口服抗真菌药，一般每天服用一次。它能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜合成。同样，服用前也需要检查肝功能，用药过程中要关注自身是否有肝功能异常的表现，如乏力、黄疸等。
手术治疗
拔甲术：过去曾采用拔甲的方式治疗灰指甲，但现在应用相对少了。拔甲能直接去除病甲，不过术后恢复时间较长，而且指甲再生过程中容易再次感染真菌，并且拔甲对甲床有一定损伤，现在更多是作为辅助治疗手段，配合药物使用。比如拔甲后继续外用抗真菌药物巩固治疗。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境来达到治疗目的。激光治疗相对无创，恢复快，但可能需要多次治疗才能看到明显效果，不过它对真菌的杀灭效果相对有限，一般也需要结合其他治疗方法一起使用。