衣原体和支原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，泌尿生殖道感染衣原体或支原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼热感，伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性；女性感染后可能出现尿道口红、白带增多、下腹不适等。呼吸道感染衣原体或支原体时，可能出现咳嗽，多为刺激性干咳，可持续较长时间，还可能伴有发热、咽痛、头痛等症状。
泌尿生殖道感染症状表现
男性泌尿生殖道衣原体支原体感染： 初期症状较轻，可能仅感尿道内不适、刺痛，随着病情发展，尿道分泌物增多，呈稀薄浆液状，晨起时可见尿道口有少量黏液性分泌物或痂膜封口。部分患者还可能出现会阴胀痛等症状。女性泌尿生殖道衣原体支原体感染： 多数患者症状不明显，有症状者主要表现为白带增多，颜色发黄，有异味，阴道瘙痒，下腹坠胀等，部分人可能出现月经紊乱等情况。
呼吸道感染症状表现
儿童呼吸道衣原体支原体感染： 以发热、咳嗽为主要表现，发热多为中低热，体温一般在38℃左右，咳嗽多为顽固性剧烈咳嗽，类似百日咳样咳嗽，可伴有咽痛、流涕、头痛等症状。成人呼吸道衣原体支原体感染： 起病较缓慢，发热可持续2 - 3周，体温在38℃左右，咳嗽为阵发性刺激性呛咳，咳少量黏液痰，可伴有乏力、肌肉酸痛、咽痛等症状。
其他部位感染症状
眼部衣原体感染： 沙眼衣原体可引起沙眼，急性期表现为畏光、流泪、异物感，伴有较多黏液或脓性分泌物；慢性期可出现眼睑结膜乳头增生、滤泡形成等，严重者可导致眼睑内翻、倒睫等并发症。咽部衣原体支原体感染： 可能出现咽部不适、疼痛、咽干、咽痒等症状，有时可伴有咳嗽。