衣原体和支原体感染后，不同部位感染症状有所不同。比如泌尿生殖系统感染时，男性可能出现尿道刺痒、烧灼感，还可能有少量稀薄分泌物，女性可能有白带增多、尿道不适等症状。一般来说，泌尿生殖系统的衣原体、支原体感染，潜伏期通常在1~3周左右。
泌尿生殖系统感染症状
男性表现： 感染后可能出现尿道刺痒，程度不一，有的较轻，有的较明显，还可能有烧灼感，部分人会发现尿道有少量稀薄的分泌物，晨起时可能会在内裤上看到污迹。女性表现： 女性感染后可能白带增多，性状可能改变，同时可能有尿道不适，比如排尿时轻微的灼热感等，但症状往往没有男性那么典型，容易被忽视。
呼吸系统感染症状
儿童情况： 儿童如果是衣原体或支原体引起的肺炎，可能会有发热，体温可高可低，有的低热持续较长时间，同时伴有咳嗽，开始可能是干咳，之后可能有少量痰液，严重的可能影响呼吸，出现呼吸急促等表现。成人情况： 成人呼吸系统感染时，多为干咳，可持续较长时间，有时会比较剧烈，影响日常生活和休息，部分人可能伴有发热，体温一般在38℃左右，也有更高的情况。
眼部感染症状
新生儿情况： 新生儿衣原体结膜炎多在出生后5~12天出现，表现为眼结膜充血、有黏液脓性分泌物，眼睛会有不适感，不断流泪等。成年人情况： 成年人眼部感染衣原体时，可能出现眼部异物感、发红、分泌物增多等，类似结膜炎的表现，但具体症状因感染程度和个体差异有所不同。