阴茎隐痛可能由多种原因引起，比如常见的尿道炎，据统计，男性尿道炎患者中约有一定比例会出现阴茎隐痛症状。
尿道炎导致的阴茎隐痛
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染引起，除了阴茎隐痛，还会有尿道脓性分泌物，排尿时尿道灼热、刺痛等表现。一般通过性接触传播。非淋菌性尿道炎：主要由沙眼衣原体或支原体感染所致，症状相对淋菌性尿道炎较轻，可能出现尿道瘙痒、轻度刺痛，伴有少量稀薄分泌物。
前列腺炎引发的阴茎隐痛
急性细菌性前列腺炎：起病急，除了会有阴茎隐痛，还会有发热、寒战、尿频、尿急、尿痛等症状，疼痛可放射至会阴部、下腹等部位。慢性细菌性前列腺炎：症状相对迁延，有反复发作的下尿路感染症状，如尿频、尿急、尿痛，排尿时有尿道不适或灼热感，同时会有会阴部、下腹部、耻骨上区、阴茎等部位的隐痛或胀痛。
阴茎局部损伤造成的隐痛
外力撞击：比如性生活中动作过于粗暴或者意外碰撞到阴茎，会立即出现阴茎局部疼痛，可能伴有肿胀、淤血等表现。手淫过度：如果手淫时用力不当，也可能导致阴茎组织损伤，出现隐痛情况，通常还会有局部轻微红肿等表现。
结石因素导致的阴茎隐痛
尿道结石：当尿道内有结石时，会引起阴茎隐痛，同时可能出现排尿困难、点滴状排尿，严重时会有血尿。结石如果卡在尿道较窄部位，疼痛会比较明显。