发烧时全身酸痛主要是因为身体在感染病原体（如病毒、细菌等）后，免疫系统被激活，会产生如前列腺素等炎性介质，这些介质会刺激神经末梢，从而导致全身酸痛。
炎症介质作用机制
身体发烧时，免疫系统启动，产生的炎性介质会作用于神经，让人体感知到酸痛，就像身体发出的一种“警报”，提示身体处于被病原体侵袭的状态。
肌肉代谢变化影响
发烧时身体代谢加快，肌肉组织在代谢过程中会产生乳酸等物质，乳酸堆积会引起肌肉酸痛，就如同运动后肌肉会堆积乳酸一样，但发烧时是身体异常代谢导致的。
不同人群差异表现
儿童发烧时全身酸痛可能更明显，因为儿童的神经系统对炎性介质更敏感；老年人发烧时全身酸痛可能恢复较慢，由于老年人身体机能相对较弱，恢复能力不如年轻人。孕妇发烧时全身酸痛要特别关注，因为需考虑对胎儿的影响，要谨慎对待发烧及伴随的酸痛情况。