发烧时全身酸痛主要是因为身体受到病原体侵袭后，免疫系统被激活，会产生如前列腺素等炎性介质，这些介质会刺激神经末梢，从而引发全身酸痛感。
炎症介质作用机制
身体发烧时，免疫系统处于活跃状态，会释放前列腺素等炎性介质，它们会作用于神经末梢，让人体感知到酸痛，就像身体发出的一种“警报”，提示免疫系统在与病原体对抗。
肌肉代谢变化影响
发烧时身体代谢加快，肌肉细胞在代谢过程中会产生乳酸等酸性物质，乳酸堆积会导致肌肉酸痛，就好比剧烈运动后肌肉会堆积乳酸产生酸痛一样，只是发烧时是身体自身代谢变化引起的。
体温升高对肌肉的影响
体温升高会使肌肉的酶活性发生改变，肌肉的正常生理功能受到影响，进而出现酸痛症状。一般来说，体温每升高1℃，基础代谢率会有所上升，肌肉的这种生理功能改变就可能引发酸痛。
不同人群的特殊情况
儿童发烧时全身酸痛可能会表现得更明显，因为儿童的身体对发烧带来的生理变化更为敏感；老年人发烧时全身酸痛要多加关注，由于老年人身体机能相对较弱，恢复可能会更慢，需要密切观察身体状况，必要时寻求医疗帮助。