附件囊肿的形成原因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，附件囊肿的形成涉及生理性因素、炎症因素以及子宫内膜异位等情况。
生理性因素导致
排卵相关：女性每个月卵巢会排卵，在排卵过程中，卵泡破裂后可能形成生理性囊肿，这种囊肿通常较小，直径多在5厘米以内，而且一般在月经周期的特定阶段出现，比如月经来潮前或刚结束时可能会检测到，多数情况下会在2 - 3个月经周期内自行消失。黄体形成：排卵后形成黄体，有时黄体血肿没有及时吸收，也可能形成黄体囊肿，同样有自行消退的可能。
炎症因素影响
盆腔炎波及：盆腔内的炎症，像盆腔炎，容易波及附件区域，炎症长期刺激会使附件部位的组织发生病变，导致囊肿形成。例如，盆腔慢性炎症持续存在，会让附件处的组织充血、水肿，慢慢就可能形成囊性的包块。输卵管炎症：输卵管发生炎症时，炎症可能造成输卵管伞端粘连，使得分泌物积聚，进而形成输卵管积水性囊肿，这种囊肿一般边界相对清晰，但会持续存在，不会自行消失，需要进行治疗干预。
子宫内膜异位相关
异位内膜种植：子宫内膜组织异位到附件部位，比如异位到卵巢上，异位的内膜会像正常子宫内膜一样，随着月经周期出现周期性出血，血液积聚在局部就会形成囊肿，这种囊肿通常会伴有痛经等症状，而且囊肿可能会逐渐增大，一般不会自行消退，需要根据具体情况进行药物或手术治疗。卵巢巧克力囊肿：这是子宫内膜异位症的一种常见类型，是异位内膜在卵巢内生长，形成含有陈旧性积血的囊肿，囊肿颜色类似巧克力，会不断增大，还可能影响卵巢功能，导致月经紊乱等问题。