卵巢畸胎瘤的病因目前尚不十分明确，可能与以下因素有关。首先，遗传因素可能起到一定作用，有研究表明部分卵巢畸胎瘤的发生与遗传基因的异常改变相关，但具体的遗传模式和相关基因还在进一步研究中。
生殖细胞异常分化
原始生殖细胞异常： 在胚胎发育早期，原始生殖细胞的异常分化可能导致卵巢畸胎瘤的形成。原始生殖细胞具有多向分化的潜能，若在分化过程中出现异常，就可能分化出不同类型的组织，如皮肤、毛发、牙齿、骨骼等，从而形成含有多种组织成分的畸胎瘤。生殖细胞异位： 生殖细胞在迁移过程中如果发生异位，也可能在卵巢等部位异常增殖分化形成畸胎瘤。正常情况下生殖细胞会迁移到正确的生殖腺部位，但如果出现异位情况，就可能引发异常的组织生长。
胚胎期发育缺陷
胚胎期组织残留： 胚胎在发育过程中，某些组织可能没有正常退化残留下来，这些残留的组织具有分化成多种组织的能力，在一定条件下就可能发展成为卵巢畸胎瘤。例如，在胚胎早期存在的一些未分化的细胞团，后续可能异常增殖形成畸胎瘤。染色体异常影响： 染色体的异常也可能与卵巢畸胎瘤的发生有关。有研究发现部分卵巢畸胎瘤患者存在染色体数目或结构的异常，这些异常干扰了正常的细胞生长和分化调控机制，从而导致畸胎瘤的形成。比如染色体数目发生非整倍体改变等情况，可能破坏了细胞正常的生长平衡，促使异常组织的增生。
内分泌因素影响
激素水平失衡： 体内激素水平的失衡可能对卵巢畸胎瘤的发生有影响。女性体内的雌激素、孕激素等激素水平如果出现异常波动，可能会影响卵巢的正常细胞功能，导致生殖细胞的异常分化和增殖。例如，长期的雌激素水平过高，可能会刺激卵巢组织异常生长，增加畸胎瘤的发生风险。内分泌紊乱与细胞增殖： 内分泌紊乱会干扰细胞的正常增殖和分化过程。当内分泌系统出现问题时，细胞的生长调控机制被打破，生殖细胞可能不受控制地增殖分化，进而形成卵巢畸胎瘤。一些内分泌相关的疾病或状态，如多囊卵巢综合征等，可能会伴随激素水平的改变，与卵巢畸胎瘤的发生存在一定关联。