长口疮的原因有多种。一般来说，长口疮可能与以下因素有关。比如，身体免疫力下降时就容易长口疮，像感冒、过度疲劳后，人体免疫力降低，就有较大几率出现口疮，有研究表明约30% - 50%免疫力较低的人群容易频繁长口疮。
缺乏维生素与微量元素
维生素B族缺乏： 当人体缺乏维生素B2、B6等时，就比较容易长口疮。比如长期饮食不均衡，只爱吃精细食物，而蔬菜、粗粮摄入过少的人，就容易缺乏维生素B族，从而增加长口疮的风险。微量元素锌缺乏： 锌在人体的生长发育、免疫等方面都起着重要作用，体内锌含量不足时，也会导致口疮的发生。有调查显示，约20%长口疮的人存在锌缺乏的情况。
口腔局部刺激
牙齿咬伤： 不小心被牙齿咬伤口腔黏膜，就可能引发口疮。比如吃饭时说话、咀嚼过快，就容易咬到口腔内壁，形成创伤性口疮。不良修复体摩擦： 不合适的假牙、牙套等口腔修复体，长时间摩擦口腔黏膜，也会导致口疮。例如假牙边缘不贴合，长期刺激口腔组织，就可能反复出现口疮。
精神因素影响
长期压力大： 当人长期处于高压状态下，比如工作压力大、学习负担重时，身体的内分泌会发生变化，从而容易诱发口疮。有数据表明，约40%因精神压力长口疮的人，在压力缓解后口疮会有所减轻。情绪波动大： 长期焦虑、抑郁、紧张等情绪也会影响免疫系统，使得口腔黏膜的抵抗力下降，进而引发口疮。比如一些性格内向、容易焦虑的人，相对更容易长口疮。